Одна из особенностей, которые отличают «Футураму» от других сериалов — присутствие практически в каждой серии шуток, связанных с программированием, математикой, физикой и другими областями науки. Отчасти это объясняется образованием авторов сериала, так, например, один из авторов, Кен Килер — доктор наук по специальности прикладная математика, а исполнительный продюсер Дэвид Коэн — магистр компьютерных технологий. В одном из интервью Коэн заметил, что авторы «хотели привнести в сериал максимум науки, насколько это возможно сделать, не мешая развитию сюжета»: «Наша надежда состоит в том, что хотя эти шутки будут не замечены значительной частью аудитории, они превратят в преданных поклонников тех, кому такой юмор будет интересен».
Вот некоторые из множества таких ссылок:
- В одной из первых серий «Love’s Labours Lost In Space» заданием для межгалактической команды курьеров стало спасение животных с планеты Вергон-6, которая была наполнена «тёмной материей» — очень плотным веществом (англоязычная игра слов, «Dark matter» это тёмная материя и одновременно «тёмные делишки», «мокрое дело»), «каждый фунт которой весит 10000 фунтов». Но, поскольку «тёмная материя» — ценное топливо для кораблей, вся она была извлечена из недр планеты, как следствие — планета должна была взорваться.
- В серии «A Fishful of Dollars» Фрай узнаёт, что 93 цента на его банковском счету выросли за 1000 лет со ставкой примерно в 2,25 % в год до суммы в 4,3 млрд долл., что соответствует действительности.
- В серии «Fear of a Bot Planet» Профессор посылает команду на планету Чапек 9 (англ. Chapek 9), которая заселена роботами. Карел Чапек и его брат и соавтор художник Йозеф, являются изобретателями слова «робот».
- Серийный номер Бендера, номер на борту корабля «Нимбус», номер коробки с одной из вселенных (серия «The Farnsworth Parabox»), — 1729. Это так называемое число Рамануджана — Харди (наименьшее число, представимое в виде суммы двух кубов двумя способами).
- В серии «The Lesser of Two Evils» Бендер и Флексо смеются над тем, что оба их идентификационных номера (2716057 и 3370318) также выражаются в виде суммы двух кубов: 2716057 = 952³ + (−951)³; 3370318 = 119³ + 119³. Впрочем, отрицательное число в нечётной степени отрицательно: (−951)³ = −(951³), так что номер Бендера является скорее разностью кубов: 2716057 = 952³ − 951³. Тем не менее, формально Бендер прав.
- В серии «Mars University» Фрай посещает университет, где преподаёт профессор Фарнсворт. Можно видеть кадр с профессором, стоящим перед доской, на которой показаны иллюстрации к «суперпуперсимметричной струнной теории» — намёк на теорию суперструн.
- В серии «The Luck of the Fryrish» есть ссылка на принцип неопределённости Гейзенберга: экипаж «Межпланетного экспресса» делает ставки на скачках, результат измеряется электронным микроскопом, и профессор Фарнсворт возражает: «Нечестно! Вы исказили результат измерением!».
- В серии «The Route of All Evil» было изображено некое «Пиво Клейна», продававшееся в бутылках Клейна.
- В серии «A Clone of My Own» клон профессора чинит двигатель космического корабля, заявляя, что «корабль стоит на месте, а двигатель перемещает вселенную». В той же серии профессор Фарнсворт говорит, что придумал этот двигатель во сне, а в другом сне забыл как он устроен. В этой же серии, клон профессора говорит, что корабль не может лететь быстрее скорости света, на что профессор отвечает, что скорость света была увеличена учёными в 2208 году.
- В серии «The Honking» показан приступ Гексакосиойгексеконтагексафобии. Тогда робот испугался отражения в зеркале символов «0101100101» (10100110102 = 66610)
- Также Бендер во сне видит только нули и единицы, а в кошмарах ему мерещится двойка. Однако в серии «I.Roommate» первого сезона на шестой минуте Бендер бормочет во сне «убить всех людей», а когда просыпается, говорит, что видел во сне Фрая.
- В полнометражном мультфильме «Футурама: Крупное дело Бендера» профессор передаёт аферистам номер своего банковского счёта: 299792458 — это количество метров, которое преодолевает свет в вакууме за одну секунду.
- В серии «The Deep South», когда команда с кораблём начинает стремительно погружаться под воду, Фрай спрашивает, какое давление может выдержать корабль. На что Профессор отвечает, что этот корабль предназначен для космических полётов, поэтому — в районе от нуля до одной атмосферы (то есть, корабль должен был бы прогнуться внутрь сразу же после начала погружения).
- В 10 серии 4-го сезона герои видят между 3-й и 4-й улицей, улицу номер пи (≈3,14).
- В одной из серий Киф заявляет Эмми, что для программирования коня он набрал 15 миллионов команд на Бейсике.
- В одной из серий свадьба роботов проходила в церкви роботов, над алтарём которой была написана заповедь на языке Бейсик:
10 SIN
20 GOTO HELL
(англ. согрешил — идёшь в ад)
- В серии «I, Roommate» в квартире Фрая и Бендера на коврике есть надпись на Бейсике:
10 HOME
20 SWEET
30 GOTO 10
(англ. дом, милый дом)
- В полнометражке «Зверь с миллиардом спин» подруга Фрая носит футболку с надписью «Для любого X, я люблю X» (имеется в виду любая спортивная команда).
- Код, размещённый на ягодице Фрая в серии «Футурама: Крупное дело Бендера» 001100010010011110100001101101110011 — это инвертированный палиндром. Вторая половина числа является отражением первой с заменой 0 на 1 и наоборот.
- В эпизоде «Space Pilot 3000» (1 серия 1 сезон) Фрай был заморожен в камере 40, а позднее, в этом же эпизоде в эту камеру попала Лила.